上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）资源整合，南北院区，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。（以下简称“九院”） 　　九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东院区（高科西路1908号）和浦东科教园区（锦尊路115号）。医院承担上海市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。 　　九院总占地面积127.9亩，总建筑面积25万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工4846人。九院拥有5位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。 　　复旦大学医院管理研究所中国最佳医院声誉排行榜2020年度综合排名全国第23位，整形外科全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻喉科排名全国第七，眼科排名第九，骨科获提名。 　　2020年度中国医院科技量值研究排行榜医院综合排名全国第14位，整形外科排名全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻咽喉科学排名全国第七，眼科学排名全国第九。 　　2020年度上海市三甲医院科研竞争力排行榜中，九院综合排名全市第3位，其中口腔医学、整形外科学、实验诊断学均排名第1位，眼科学排名第2位，耳鼻咽喉科学、骨外科学、麻醉学排名第3位，内分泌学排名第4位，急诊医学排第5。 　　九院学科建设水平不断发展。现拥有国家口腔医学中心1个，国家口腔疾病临床医学研究中心1个，口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科等9个国家临床重点专科；上海市临床重点专科8个；上海市教委IV类“高峰学科”1项；上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项；口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部211工程重点学科；还有口腔疾病、修复重建外科、创伤骨科与骨关节外科等3个上海市临床医学中心。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科；血管外科为全国第一批外周血管介入诊疗培训基地；组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科（优势学科）、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科；修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心；眼科、耳鼻喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科；内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科；医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。 　　在国际合作方面，英国爱丁堡皇家外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、国际口腔颌面外科医师协会（IAOMS）口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔颌面外科国际内固定学会（AOCMF）颅颌面分会培训中心单位，建立了国内首个国际认证的麻醉护理教育基地，并挂牌美国心脏协会心血管急救培训中心。 　　“十三五”以来九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模最大的整形外科医学中心和国内最大的整形外科医教研中心。口腔颌面外科已达到国际领先水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔黏膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平。骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位。眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗达到全国领先水平，耳神经颅底外科在亚专业领域的国内排名近年始终位居全国前三，辅助生殖中心是全国辅助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄最高的辅助生殖中心。心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于上海市领先水平。